近些年来,关于外泌体的研究如火如荼。外泌体在免疫中抗原呈递、肿瘤的生长与迁移、组织损伤的修复等生理病理上起着重要的作用。同时,不同细胞分泌的外泌体具有不用的组成成分和功能,可作为疾病诊断的生物标志物。 来自华中科技大学同济医学院附属协和医院的崔老师,对外泌体提取积累了自己的心得,并将自己的研究成果发表在 Bioactive Materials 上。 下文是崔老师的分享。
要进行关于外泌体的研究,提取纯化外泌体一直是大家非常关注的问题。 能否获得较高纯度的足量外泌体,直接关系着后续研究能否开展 。虽然目前仍然没有能同时保证外泌体的含量、纯度和生物活性的提取宏氏方法,但是我们可以结合当前的实际情况,对外泌体提取做一些探讨和经验总结。
超速离心(差速离心)法是目前最常用的外泌体提取方法 ,即采用低速离心、高速离心交替进行,可分离到大小相近的囊泡颗粒。超离法因操作简单,获得的囊泡数量较多而广受欢迎。本人近期发表的论文中最后也是采用了这种方法。
具体的步骤大家都比较熟悉,无论是提取血清来源的外泌体,还是细胞条件培养基来源的外泌体 ,大家都习惯于先将血清或者条件培养基收集后保存于-80℃的温度下,等达到一定量后,再批量进行超速离心。
这样的话, 大家会发现一个非常严重的问题,尤其是在拍摄电镜的时候——背景杂质很多,并且很多囊泡的形态不够典型,不镇绝雀是文献中描述的那种典型的双凹圆盘状或者茶托状。
通过几次实验的对比,我大概发现了原因, 主要是由于在冻存收集到培养基的时候,没有进行低速离心和普通高速离心。
低速离心可以去除培养基中的未贴壁细胞、死细胞以及大的细胞残骸,而普通高速离心可以去除其中的大型细胞外囊泡。无论是未贴壁细胞、死细胞、大的细胞残骸,还是大型细胞外囊泡,在-80℃冻存及复温的过程中,都会发生破裂,产生小型的细胞膜碎片结构。
这样的话,就导致了电镜背景很杂乱,难以达到高水平论文杂志期刊的要求。另外,还会导致这御早样一个矛盾现象,即蛋白定量中计算的外泌体产量虚高,而蛋白免疫印迹中外泌体标记物蛋白的含量却不高。
因此,在这里推荐给大家一个小贴士
就是在收集准备提取外泌体的条件培养基或者血清时,一定要提前做到低速离心和普通高速离心这一步,尤其是为了做透射电镜或者蛋白免疫印迹实验而提取的外泌体 ,一定要注意这一点。尽管过程比较费时,但是能生产出有用的结果才是更重要的。
至于其他的外泌体提取方法,如密度梯度离心、色谱柱、超滤离心法、微流控芯片法、磁珠免疫法、多聚物沉淀法,我看到学校里面鲜少有人去尝试,毕竟更麻烦。但不同的方法各有优劣,大家可根据自己的实验,谨慎选用。
外泌体即细胞外囊泡(简孙纳卜称EVs)是所有细胞主动分泌的纳米级囊泡,活细胞释放不同类型的细胞外囊泡进入细胞外环境进行细胞间交流,细胞外囊泡越来越多地被认为是有希望的液体活检生物学标志物。根据相似囊泡的直径大小可将细胞外囊泡分为三类,直径在50-150nm的外泌体,直径在100-1000nm的微囊泡、外粒体和微颗粒,直径在-100-5000nm的凋亡小体。目前主要认为,外泌体产生的过程是细胞膜内陷形成内体,再形成多泡体,多泡体与质膜融合导致其管腔内囊泡释放到细胞外,产生一种称为外泌体的EV亚型。
2 外泌体的提取纯化方法
2.1 基于密度的分离方法
2.1.1 超速离心法
超速离心法是最常用的外泌体提取方法,首先,施加较低速度的离心力300g以从细胞培养液中去除细胞;然后,对上清液施加较大的离心力(10000-20000g),去除大的细胞碎片和破碎的细胞器;最后,再次进行高速(100000-150000g)离心从 上清液 中收集外泌体,所有离心在4℃下进行。超速离心法获得的外泌体不被分离试剂污染,且分离数量多,处理样本小。尽管超速离心法是提取外泌体最广泛的“金标准”,但仍然有很多缺点,如所需的超高速离心仪器比较昂贵、样品量大、耗时长、电镜观察外泌体时仍存在蛋白质污染。
2.1.2 蔗糖密度梯度离心法
目前已发现,外泌体在蔗糖梯度为1.15-1.19g/mL密度中漂浮,所以根据这个特性,可以将样品与蔗糖梯度溶液一起超速离心,外泌体沉降到不同的密度区域就可以将其区分出来。蔗糖密度梯度离心法需要预先配好连续梯度浓度的蔗糖溶液,将蔗糖溶液铺于离心管底部,再将样本放于上部,4℃下100000g超速离心。蔗糖密度梯度离心法获得的外泌体纯度较高,但是前期准备复杂,耗时长,又不能完全将外泌体与蛋白质分离开。2013年10月ISEV会议一些研究人员表示,通过蔗糖密度梯度离心法分离囊泡时,细胞囊泡的生物功能丧失。
2.2 沉淀法
2.2.1 聚乙二醇 (PEG)
PEG 是一种水溶性非离子化合物,具有极强的亲水性,可以与疏水的脂质双分子层结合,从而改变外泌体的溶解度而使外泌体沉淀。RIDER等研究发现,PEG水平会影响外泌体的产率,且从外泌体中获得的总蛋白和RNA在数量和质量上足以用于蛋白质组学和测序分析。沉淀法操作简单,不需要特殊设备,更经济,外泌体产量高,但是会沉淀一些非外泌体的疏水性物质而导致外泌体纯度不够。
2.2.2 试剂盒法
最近已经开发出基于聚合物共沉淀的试剂盒,如ExoQuick、TEI等,可用于提取多种体液中的外泌体。聚合物沉淀剂ExoQuick与样品4℃共孵育30min,然后室温1500g离心30min,即可获得外泌体沉淀。与超速离心法比较,试剂盒法更简便、耗时短,且能获得更高的外泌体产量。试剂盒法获得外泌体沉淀含有的杂质较多,不同来源的样本需要使用不同的试剂盒来进行提取,且试剂盒价格较贵。
2.3 基于大小的分离方法
2.3.1 SEC SEC
主要根据外泌体的大小对外泌体进行分离和纯化。样品中大分子物质不能进入凝胶孔而被流动相快速洗脱出来,尺寸小于孔径的物质可进入多孔材料,需要较长时间被洗脱出来,即可通过不同的洗脱时间分离外泌体。BING等证明了琼脂糖凝胶可以从无血小板上清液中纯化出外泌体,通过这种方法茄吵,外泌体很容易从蛋白质和高密度脂蛋白中分离出来。HONG等通过改编和使用mini-SEC方法能够有效分离出外泌体,与漫长而复杂的超速离心法不同,它可在30min内完成外泌体分离。通过SEC分离的外泌体纯度较高,分离出结构上完整且功能活跃的囊泡是基于微型SEC分离的重要优势,但数量较少,而且需要特殊设备,故应用不广泛。
2.3.2超滤法
超滤法是根据外泌体的大小使用相应孔径的滤膜,将样品中小分子物质过滤到膜的另一侧,而将大分子物质滞留在膜上来达到分离的目的。超虑法简单、省时、成本低。LIU等改则穗良了简单的超滤法,通过将不同孔径的膜(200、100、80、50、30nm)串联在一起,实现了不同大小外泌体的快速分离,且捕获效率明显高于超速离心法。然而,过滤器很容易被囊泡和其他大分子物质堵塞,这种情况很容易导致膜压力过大而破碎。
2.4 基于表面成分亲和力的分离法
2.4.1 蛋白质
外泌体表面含有丰富的蛋白质,所以基于其表面成分的亲和力特别适合于分离外泌体。CD63是外泌体中发现的最丰富的蛋白质之一,因此,常用抗CD63免疫吸附外泌体。ZHAO等通过使用抗CD63包裹的磁珠与血液样品不断混合,将外泌体捕获到磁珠上后,加 缓冲液 冲洗5min,然后引入3种不同荧光染料标记的抗体[抗CD24、抗上皮细胞黏附分子(抗EpCAM)、抗糖类抗原-125(抗CA-125)],通过观察不同荧光强度可以量化卵巢癌中不同肿瘤标志物的表达水平。
2.4.2 膜磷脂
虽然大部分基于表面成分的亲和方法是基于外泌体表面的蛋白质,但是脂质双层也是一种很好的检测目标。XU等利用外泌体膜上表达的磷脂酰 丝氨酸 (PS)可以被PS结合受体Tim4很好地结合,用Tim4固定化的磁珠与样品反应进行外泌体捕获,并且观察到洗脱的外泌体保持着完整的形态,与商业外泌体提取试剂盒相比,表现出更高的捕获率。CHEN等利用外泌体将带负电荷的PS暴露在膜上的特点,使用带正电荷基团的离子交换树脂的磁珠与血浆样品反应,血浆中的外泌体就能与磁珠结合,通过这种方法分离的外泌体具有比超速离心法更高的回收率和更少的杂质蛋白。
2.5 ACE分离法
ACE微阵列产生的介电泳(DEP)分离力是通过施加交流电场产生的,纳米级的粒子和其他纳米级实体物质被吸引到圆形微电极边缘周围的DEP高场区域,细胞和大的实体物质被吸引到DEP低场区域。 IBS EN等的ACE装置需要30-50μL血浆样品就能够在15min内将外泌体浓缩到微电极周围的高场区域。ACE设备流程明显快于目前使用的方法,这个装置简化了外泌体提取和回收过程的能力,明显减少了加工步骤和消耗时间。CHEN等构建了具有交叉电极的DEP芯片,能在30min内从血浆样品中分离出外泌体。经过测试证明,DEP芯片具有高捕获率和高回收率,需要的时间更短,并且不需要笨重和贵重的仪器。
2.6 微流控芯片法
微流控芯片法是新开发出来的用于快速高效分离样品中外泌体的方法。WOO等使用2个纳米过滤器(Exodisc)集成的实验盘在30min内实现了20-600nm外泌体的全自动富集。使用纳米粒子跟踪分析定量检测证实了细胞培养上清液中外泌体的回收率大于95%。与超速离心法相比,Exodisc提供了高出100倍的mRNA水平,更省时,所需样本量更少。FANG等开发了一种微流体芯片,将包裹了抗CD63的磁珠与血浆样品通入芯片,在第1个腔室中捕获到外泌体,通入一抗与磁珠-外泌体混合物结合,再通入荧光标记的二抗形成磁珠-外泌体-一抗-二抗混合物聚集在第2个腔室。微流控芯片法操作简单,捕获率高,特别适合于生物学研究。外泌体作为癌症诊断的有前景的生物学标志物,其在癌症的液体 活检 中受到关注。外泌体的生物学价值和临床应用价值凸显了开发有效提取和分离外泌体技术的重要性和必要性。相信随着技术的不断进步和创新,外泌体提取将变得更加简便经济,纯度越来越高,完整性越来越好。
提取后往往需要进一步检测,确定提取的是不是外泌体。有三种方法:1. 扫描电镜观察;2. NTA仪器粒径检测;3. WB检测。如图所示,在外泌体上往往存在许多标志物,这时候就可以选择相应的抗体进行WB检测。根据22 篇外泌体相关文献的统计,排在前4 位的检测指标为 CD63(13/22)、Tsg101(8/22)、CD9 和CD81并列第三位(6/22);接着检测较多的4 个指标为Alix (4/22)、HSP70(3/22)、flotillin (3/22)和Syntenin (2/22);此外还有一些指标仅在1 篇文献中出现过,例如HSP90、LAMP2B、LMP1、ADAM10、nicastrin、AChE、AQP2、RPL5、a-1AT。针对外泌体的定性检测至少选择两个指标就能满足文章发表需要了,比如检测CD63 和Tsg101。
你问:miRNA作为临床诊断标记物具有哪些优点;1、临床诊断标记物miRNA的异常表达与卵巢癌的演进有着密切联系。循环miRNA在血清中稳定存在,具有较好的组织特异性,成为卵巢癌无创诊断的戚指闷一个新靶标。
2、循环miRNA是液体活检研究领域的一个重要方向,尤其在外泌体的概念发展以后,丰富了对循环miRNA的认识和检测方式。现对循环miRNA在卵巢癌中的生物学和临床诊断标记物意义进行综述。
3、研究发现部分血清miRNA与胃癌密切相关,但对早期胃癌的研究较少见.目的:探讨血清miR-1、miR-20a、miR-27a、miR-34a、miR-423-5p表达在胃癌尤其是早期胃癌诊断中临床诊断标记物的价值和方法。
4、采用临床诊断标记物qRT-PCR法检测180例胃癌患者(包括149例进展期胃癌和31例早期胃癌)、49例癌前变化患者、57名健康对照者的血清miR-1、miR-20a、逗稿miR-27a、miR-34a、miR-423-Sp表达.采用ROC曲线判断miRNA的诊断敏感性和特异性.结果:胃癌患者血清miR-1、miR-20a、miR-34a、miR-423-5p表高弯达显著升高(P<0.05),ROC曲线下面积(AUG)分别为0.894
9、0.814
8、0.6448、0.589
7,四者联合的AUC为0.921
1,敏感性和特异性分别为85.8%和83.3%.早期胃癌中miR-1和miR-20a的表达明显升高(P<0.05),AUC分别为0.813
8和0.774
2,两者联合的AUC为0.865
3,敏感性和特异性分别为80.5%和83.6%.进展期胃癌中miR-1的表达显著高于早期胃癌(P
=0.012
1),且术后表达明显降低(P
=0.018
5)。
6、结论:miR-1、miR-20a、miR-34a、miR-423-5p可作为肿瘤标记物对胃癌进行诊断,miR-1、miR-20a可作为诊断早期胃癌的标记物.
什么是外泌体
人到中年,最难以启齿的矛盾便是脸上越来越多的皱纹和内心与日俱增的
“抗老需求”之间的矛盾。为了今天的容颜不被明天改变,什么玻尿酸、水光针甚至是干细胞美容,我都勇于“尝鲜”。而灶颤哪作为美容界的后起之秀——“外泌体”,我更是不愿错过。毕竟它虽然是近两年兴起的美容模式,但其发展历史也已经有40多年了,而它的美容功效更是有口皆碑,比干细胞美容有过之而无不及,一时间,关于外泌体美容的宣传铺天盖地,可谓是风头无两,颇有“江湖大佬”的地位。但也正因为如此,我们更要科学严谨的对待外泌体美容,了解它的原理,才能更好的应用它。
外泌体,从字面上看,就是细胞向外分泌的物体。科学释义是:细胞所分泌的直径为30~150nm的双层磷脂囊泡,主要功效成分包括蛋白质类物质及micRNA类核酸物质。
外泌体的作用机理
外泌体最大的功能便是人体的“通信兵”,它能在细胞间传递物质,从而调控受体细胞的功能及生物学行为。通俗的说,外泌体就好像一辆“细胞货拉拉”,装了自家一堆有用的东西隐码(里面有miRNA,mRNA和lncRNA等小分子核酸,还有细胞因子等蛋白),然后分泌出细胞外,再接着进入另一个细胞,进行“卸货搬家”。
希吉亚外泌体分离方法
外泌体天然存在于血液、尿液、唾液、母乳和细胞培养基等生物体液中,希吉亚外泌体的分离方法有很多种,常用的有超速离心法、免疫磁珠法等。
Ø
超速离心法:超速离心法是大家最熟悉的一种分离方法,文献中应用最多且也是目前比较受到认可的方法。超速离心是先通过低速离心去除细胞和细胞凋亡碎片,再通过超高速去除大囊泡和沉淀外泌体。此方法耗时耗力,往往需要8-30个小时;且需要大量的起始材料和超速离心机;产量不高。
希吉亚外泌体美容机制
Ø
免疫磁珠法:利用外泌体表面特有的表面标记物(如CD63、CD9蛋白),用包被抗标记物抗体的磁珠与外泌体囊泡孵育后结合,即可将外泌体吸附并分离出来。该方法具有特异性高、操作简便、不影响外泌体形态完整等优点,但外泌体的生物活性易受pH和盐浓度影响,不利于下游实洞差验。
促进细胞再生。外泌体可以有效刺激受体细胞,释放细胞活力,促进其再生和新生。因而可以帮助淡化祛除斑点,促使肌肤光亮细腻。
修复受损细胞。外泌体外泌体可以加速I型胶原和III型胶原的基因表达,促进成纤维细胞增殖、胶原合成,从而让帮助修复受损的肌肤屏障。而且它可以提高受损部位的修复能力和愈合能力。
抑制炎症产生。外泌体可以诱导巨噬细胞向M2型极化,从而降低了巨噬细胞诱发炎症反应的能力,从而抑制炎症。我们肌肤的很多问题都与肌底炎症有关,而外泌体可以通过抑制炎症来让肌肤从内而外的健康起来。
干细胞疗法围绕使用完整细胞来替代丢失的组织。相反,外泌体是与细胞分离的囊泡。外泌体促进恢复青春活力的方式是利用外泌体中携带的有效成分来帮助其他细胞。
干细胞和外泌体的另一个主要区别是前者仅从身体的特定部位获得,例如:骨髓、血液、脂肪组织。而外泌体,可以从几乎所有类型的细胞中获得。胎盘中也含有大量的外泌体。
通过上述科普,大家对外泌体美容一定有了更全面的认识
外泌体的提取主要包括以下几种方式。
一是超速让启离心法,这是目前外泌体提取最常用的方法 。此种方法得到的外泌体量多,但是纯度不足,电镜鉴定时发现外泌体聚集成块, 由于微泡和外泌体没有非常统一的鉴定标准,也有一些研究认为此种 方法得到的是微泡不是外泌体 。
二是过滤离心, 这种操作简单、省时,不影响外泌体的生物活性 ,但同样存在纯度不足的问题。
三是密度梯度离心法, 用此种方法分离到 的外泌体纯度 高,但是前期准备工作繁杂,耗时,量少。
四是免疫磁珠法,这种方法可以保证外泌体形态 的完整,坦码如特异性高、操作简单、不需要昂贵的仪器设备,但是非中性pH 和非 生理性盐浓度会影响外泌体生物活性, 不便进行下一步的实验 。
五是PS亲和法,该方法将PS(磷脂酰丝氨酸)与磁珠结合,利用亲和原理捕获外泌体囊泡外的PS。该方法与免疫磁珠法相似,获得的外泌体形态完整,纯度最高。由于模则不使用变性剂,不影响外泌体的生物活性,外泌体可用于细胞共培养和体内注射。2016.9 nature杂志发表了该方法最新数据,表明PS法可提取相当高纯度的外泌体。
六是色谱法,这种方法分离到的外泌体在 电镜下大小均 一, 但是需要特殊的设备 , 应用不广泛 。
外泌体和微囊泡是几乎所有类型的细胞都能释放的细胞外囊泡(ev)的两大类,在生物液体中非常丰富,ev的分子组成和释放都被认为是受到外界刺激的严格调控的。多项研究一致表明,ev可以在不同的细胞类型之间转移蛋白质、脂质和RNA,从而介导细胞间的通信告升和信号转导。重要的是,ev中的小非编码rna被认为是在受体细胞中发生的分子事件的主要贡献者。
此外,外泌体和微囊泡中的RNA可以作为多种疾病的非侵入性的生物标志物,包括免疫系统的病理变化。
这篇综述旨在提供ev相关RNA转录组领域的最新技术,以及对以往使NGS测序来描述不同细胞释放的ev中RNA含量的研究进行全面分析。最后,我们强调了与获得纯EV和 EV相关RNA的深度测序 相关的技术挑战。
细胞外囊泡分为三种类型( classifified by their origin and biogenesis):apoptotic bodies (ABs), microvesicles (MVs, also known as shedding vesicles), and exosomes。
大肿瘤小体(LOs)已被确定为第四种类型的ev,它是由肿瘤细胞脱落的膜泡产生的,其大小与 ABs相似。
它们直径大小不一,包含物也有所差异:MVs和外泌体包含各种细胞质和膜解蛋白以及脂质、糖和核酸(9),而ABs可能还包括核组分和细胞器。
marker特征差异:外泌体特征良好的蛋白标记物包括各种四酯蛋白,如CD9、CD63和CD81;而mv包含质膜常见的跨膜蛋白,如整合素和选择素;同时,ab可以通过组蛋白的存在来区分。
在多种早期RT-qPCR技术以及最近的报道中,外泌体和MV中的mRNA、miRNAs和lncRNAs得到了一致的证实。更先进的高通量RNA测序方法的应用揭示了,从生物液体和细胞条件培养基中分离的ev亚群中存在各种其他RNA种类。
这些RNA种类包括snRNA、snoRNA、piRNA、vault RNA、Y-RNA、scRNA、SRP-RNA和7SK-RNA;以及来自rRNA、tRNA、mRNA、lncRNA和各种基因间重复序列的短片段。
TABLE 1 | 使用高通量测序显示EV转录组含量的报告
Nolte-‘tHoen等人通过高通量测序研究了培养过程中免疫细胞释放的EV中的小RNA含量。从EV中分离出的总RNA大部分是小RNA (200 nt),含有少量的18S和28SrRNA。这些短RNA片段主要定位于蛋白质编码区和基因组重复序列,包括SINE、LINE和LTR序列。相反,细胞小RNA群体中存在的大部分序列代表miRNAs,而细胞分泌的EV中miRNAs的比例显著较低。
除了编码mRNA和重复序列的蛋白质外,EV组分还包含所有类型的结构RNA(如vaultRNA、Y-RNA、snRNA、snoRNA、SRP-RNA和tRNA)以及来自lncRNA和假基因的片段。
此外,相对于细胞RNA来说,许多小非编码转录本在EVs中富集,这表明细胞可能选择特定RNA进行细胞外释放。
许多其他研究也证实,由各种培养细胞释放的外泌体中,miRNA 的表达明显低于其他种类的 RNA,这些数据与先前的观察结果一致,即大多数个体外泌体不携带任何生物学上有意义的 miRNA 拷贝。然而,其他的 RNA 测序实验表明,一些细胞系释放的外泌体中相当大比例的小 RNA-seq reads仍然与 miRNA 相对应。
有趣的是,几个独立的小组观察到有15-50% total reads RNA 片段比对到包括逆转录病毒序列,LTR,SINE,和 LINE 序列的基因组重复序列。需要指出的是,作者并没有升键明确说明在上述研究中使用的小 RNA 文库制备方案是否包括允许捕获5′-OH 和/或3′-磷酸化 RNA 的修饰。因此,目前尚不清楚他们是否真的在相应ev中表征了小RNA的全谱特征。
Jenjaroenpun 等吵友巧人和 Miranda 等人分别报道了在 MDA-MB 细胞培养液和尿液 EVs 中总 rna (包括长 rna 和小 rna)的测序,并显示了相当比例的 rRNA 读数(87-97%) ,与细胞质中的 rRNA 含量相似。在剩下的3-13% 的片段中,大约一半被标记为蛋白质编码转录本,另一半则标记为非编码 rna 和基因组重复序列。
在Beradrocco等人的另一篇报道中,作者分别使用total RNA和sRNA测序protocols来表征四种不同肝癌细胞系释放的EV中封装的长RNA谱。总RNA片段比对到rRNA的比例最大(32-66%),而基因组重复序列的比例为15-44%,只有11 -25%的片段映射到蛋白编码和非编码RNA基因。对相同EV制剂进行的sRNA测序显示,RNA类别的分布略有不同:rRNA(16-54%)、基因组重复序列(24-40%)和转录组(24-51%)。
在另一项与small RNA测序相平行的全转录组RNA-seq研究中,Lasser等人证实,人类mast和红白血病细胞系释放两个外泌体群体(通过密度梯度浮选分离为HD和LD组分。在HD和LD部分中,长和短RNA cargo明显缺乏相关性,这表明这两个部分的细胞外RNA与不同的通路相关。与LD外泌体相比,HD中mRNA转录本的reads比例更丰富(75 vs. 20%),而非编码RNA的分布则相反(25 vs. 80%)。 在 short RNA libraries,HD部分富集成熟miRNA(23%),而LD部分主要是tRNA(28%)和成熟miRNA(10%)。
另一项研究研究了黑色素瘤细胞在培养过程中释放的三种不同EV类型的RNA含量,并确定了一些非编码RNA在每个EV样本中富集。RNA图谱表明,在相对中等水平的sRNA水平的ABs和MV中存在显著的18S和28S rRNA峰。相比之下,外泌体主要包含小RNA,与ABs和mv相比rRNA更少。尽管EV亚群的miRNA装载量与外泌体略有不同,但大量的miRNA仅在外泌体中被检测到,而在ABs和MV中均不存在,这支持了外泌体富集特异RNA的概念。必须指出的是,与miRNA相比,其他ncRNA种类不仅显著丰富,而且选择性富集在黑素瘤细胞释放的不同EV亚型,这增加了研究细胞外囊泡RNA货物及其功能的复杂性。
到目前为止,只有少数报道对从人类生物液体中分离的EV中的小RNA货物进行了下一代测序。这些研究表明,从人血浆、唾液和尿液中分离出的外泌体含有相当比例的miRNA reads(35-76%)。
上述生物流体EV中其余的RNA种类包括rRNA、lncRNA、tRNA、mRNA、重复区域以及小的非编码RNA如piRNA、snRNA、snoRNA等。值得一提的是,与“几天”细胞条件培养基相比,从生物体液中分离出的外泌体可能含有大量的大蛋白聚集物,包括通常在细胞死亡时释放的装载mirna的AGO复合体。因此,在人类体液中检测到的miRNAs是否确实与ev相关仍有待验证。
有趣的是,对尿液外泌体纯化的总RNA进行深度测序发现,其转录本分布与Cheng等人(48)观察到的完全不同。具体来说,大部分(约87%)的RNA reads被映射到rRNA上,只有约8%的reads被映射到非编码RNA和DNA重复序列上,而剩下的约5%对应于蛋白质编码RNA。相反,Miranda等报道的图谱统计和reads分布与细胞条件培养基中外泌体的总RNA测序结果相似。
综上所述,从上述研究演变而来的集体证据(表1)认为,大多数细胞释放的EV确实携带大量的非编码转录本和蛋白质编码转录本,以及它们的部分,在研究细胞外RNA对受体细胞的影响时应该考虑这些。
EVs RNA载物含量的差异可能部分是因为:
关键词:外泌体染料标记