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华大基因外泌体测序(华大基因全外显子测序)

2023-01-27 03:54:54 作者:max
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被控12项欺诈罪,或面临20年徒刑?硅谷“女版乔布斯”受审在即

实习生丨 林昀肖、刘荷月

编辑丨 李欣夷

9月原本是秋天收获的季节,但对“女版乔布斯”、美国血液检测公司Theranos的创始人伊丽莎白·福尔摩斯来说,是寒冬提前到来。

近日,媒体报道称, 福尔摩斯将接受审判,为此前自己设的“骗局”让投资者损失超过7亿美元买单。 9月2日,该消息冲上热搜榜。

据了解,2018年3月,福尔摩斯和公司Theranos被美国证券交易委员会(SEC)指控欺诈,面临高达12项的欺诈罪名。如果被判有罪,福尔摩斯将面临最高20年的监禁。

其实,通过血液进行癌症检测,是一种液体活检技术。液体活检是指通过采集人的血液、积液、尿液、唾液等体液样本,检测生物标志物、进行肿瘤分析的诊断技术。该技术取样过程方便快速,对人体侵入性较低,依从性良好,具有无创和高效等优点。

近年来,我国每年新发癌症病例超过350万,死亡病例超过200万,防控形势严峻。 液体活检技术使癌症早期阶段的筛查成为可能。 “早筛的意义,在于能够大幅提升治愈率,并大幅降低医疗成本,提升患者的生活质量。”中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会主任委员、复旦大学附属肿瘤医院副院长叶定伟在接受媒体采访时表示。

滴血测癌骗局

2014年,硅谷明星生物 科技 公司Theranos耗资近600亿元的“血液检测”神话曾经轰动全美。该公司声称发明了一种突破性的创新技术, 通过指尖采集一两滴血液就能完成专业实验室才能完成的超过240种测试, 范围从胆固醇囊括到癌症检测。

在鼎盛时期,Theranos的估值一度达到90亿美元(接近600亿人民币),福尔摩斯也在2014年登上福布斯杂志封面,其大胆言论和黑色高领毛衣让媒体纷纷将其称为“女版史蒂夫-乔布斯”。

但2015年10月,有媒体揭露Theranos的“滴血测癌”为惊天骗局。 该公司系购买西门子公司仪器进行检测,并将检测结果冒充成自己的检测结果。 紧随其后的调查结果也显示,其所发明的检测机器“爱迪生”漏洞百出, 相关技术根本无法支撑“滴血测癌”的美好愿望。

2018年3月,福尔摩斯和公司Theranos被美国证券交易委员会(SEC)指控欺诈,面临高达12项的欺诈罪名。如果被判有罪,福尔摩斯将面临最高20年的监禁。检察官表示,她在测试方面故意误导患者,并向投资者夸大公司业绩。

Theranos公司也于2018年倒闭。据最新消息, 福尔摩斯的开庭陈述将于2021年9月8日举行,审判预计将持续13周。

与之形成鲜明对比的是,2016年1月,美国第一家用表观技术来查癌症的Grail公司甫一成立并即受到热捧,谷歌和比尔·盖茨都参与投资。上述企业负责人指出,Grail能够开发相应技术,是因为在学术上有了明确的方法论,表观遗传学可以用做肿瘤筛查已通过许多科学家研究和实验的证明,在生物学领域得到公认。而福尔摩斯的所谓“滴血测癌”从来没有解释清楚其科学原理,也没有得到专业人士的认可。

“科学家的认知不是由媒体和公众评价决定,而是由学术成果来定的。没有学术积累,即使是商业天才也不可能做出创新,这是对科学的不尊重。”上述企业负责人表示。

血液能测癌吗?

实际上,美国血液检测公司Theranos和创始人伊丽莎白·福尔摩斯被指控, 并不意味着血液检测不能测癌,而是滴血测癌这个概念本身不够科学。

那血液检测筛查早期癌症的原理为何?

通俗来讲,人体是由无数细胞所组成,所有细胞都会向血液内释放DNA和蛋白质,包括变异的癌细胞。而癌细胞蕴含的DNA和蛋白质变异在进入血液后,可以通过血液检查发现,从而识别早期癌症。

如复旦大学研究员陈兴栋团队研究发现,对于结直肠癌、食管癌、肝癌、肺癌和胃癌5种常见恶性肿瘤,早期的癌症信号——微量肿瘤甲基化就存在于血液循环之中,可以无创检测出来。

此外,该团队还发现 癌症信号在病症发展早期、甚至在无症状未确诊的若干年前,就会存在于血液中。 利用泰州前瞻性队列的样本,复旦研究团队在严格意义上证明DNA甲基化测序能够比传统诊断方法更早发现癌症。

鹍远基因研究人员基于ctDNA甲基化特质设计了一套机器学习方法PanSeer ,在训练集中的特异性为94.7%,对确诊后采集的病人样本以及确诊前采集样本的敏感性分别达到88%和91%。在一个独立的测试样本集中,该研究团队在207个 健康 对照样本重现96%特异性的前提下, 在113个确诊后采集的病人样本上达到了88%的敏感性。 此外,在98名确诊前1-4年采集的样本中也达到了95%的检测敏感性。

上述研究共同通讯作者、鹍远基因公司联合创始人兼首席技术官刘蕊博士认为,该研究在技术上的最大突破,是利用半靶向PCR技术构建血浆游离DNA靶向测序文库的方法,大幅度提高甲基化靶点的富集效率,解决了早期癌症患者血浆中ctDNA稀少、常规方法DNA丢失率高、检测灵敏度受限等问题。

陈兴栋表示,目前国外一些类似多癌早期筛查研究的检测方法成本很高。此项研究证实, 仅需从单管血液中取样少量DNA即可检测, 具备作为潜在一线癌症早筛手段的有效性和经济性。

实为液体活检

通过血液进行癌症检测,属于一种液体活检技术。液体活检即通过采集人的血液、积液、尿液、唾液等体液样本,检测生物标志物、进行肿瘤分析的诊断技术。液体活检的工作流程包括采集样本、物流运输、样本检测和检测报告。

尽管组织活检是肿瘤诊断的金标准,可做形态学和分子评估,但研究表明,由于肿瘤内和同一患者肿瘤间均具有异质性,所以组织活检不能捕捉一个患者的全部肿瘤负荷的基因组学全貌;另外,组织活检还存在侵入性较大、可能提供不了足够样本用于病理检测、不适用于动态监测、有些肿瘤位置不合适穿刺等缺点。

液体活检技术具有无创和高效的优点。 液体活检取样过程方便快速,对人体的侵入性较低,依从性良好。同时其检测过程操作简单,对医疗资源的依赖性较低,样本可及性高,方便进行多次取样。检测周期通常在1-2 周。

但液体活检技术也有捕获能力差、检出率低、个体化差异大等方面的问题,其技术还在进一步完善中。

据头豹研究院分析,液体活检技术主要有三种分析物。 第一种是循环肿瘤细胞(CTCs)的检测。 这是自发或因诊疗操作从实体瘤病灶脱落进入外周血循环的肿瘤细胞。由于其携带大量与肿瘤产生、转移以及耐药机制相关信息,可用于监测肿瘤动态与临床治疗效果,也可用于检测药物敏感性。

目前,CTC检测技术在判断转移性结直肠癌、乳腺癌及前列腺癌患者预后等方面的临床应用价值已得到证实。

第二种是循环肿瘤DNA(ctDNA)的检测。 ctDNA指由肿瘤细胞释放到人体血液系统中的循环DNA片段,来源于坏死或凋亡的肿瘤细胞、CTC及肿瘤细胞外泌体,含有肿瘤基因组所特有的基因突变,可用于检测微小残留病灶和隐匿性转移病灶及监测肿瘤治疗效果,也可用于分析肿瘤细胞突变、扩增、缺失等遗传信息的变化。ctDNA检测可在临床症状出现前检出肿瘤,具有辅助早期诊断的应用潜能。

第三种是外泌体检测。 外泌体是肿瘤细胞脱落的囊泡,在血液、唾液、尿液等多种体液中均有分布。外泌体通常大量产生、释放,并在外部脂质膜的保护下维持囊泡成分稳定,其携带的定量信息可预测恶性肿瘤是否存在。

目前,在液体活检早筛市场上, 燃石医学、泛生子 等初创生物技术公司都进行了广泛布局。近期美国基因测序巨头因美纳(Illumina)拟80亿美元收购的癌症筛查初创公司 Grail 也在开发液体活检技术,希望能够对卵巢癌等癌症进行早期筛查。

市场潜力巨大

据了解,我国每年新发癌症病例超过350万,死亡病例超过200万,防控形势严峻。近年来,肺癌、乳腺癌及结直肠癌等发病呈显著上升趋势,肝癌、胃癌及食管癌等发病率仍居高不下。

以肝癌为例,据西南证券研究报告,在不考虑市场渗透率的情况下, 我国肝癌早筛早诊市场空间高达2000亿元。 液体活检技术使得癌症早期阶段的筛查成为可能,无论是肿瘤诊断,治疗还是监控领域,液体活检的优势都使其成为最具发展潜力的肿瘤无创诊断手段,具有极高的临床应用价值和市场前景。

“早筛的意义在于能够大幅提升治愈率,大幅降低医疗成本,提升患者的生活质量。”中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会主任委员、复旦大学附属肿瘤医院副院长叶定伟在接受媒体采访时表示。

资本市场对液体活检的早筛技术热情高涨。据不完全统计,今年上半年, 全球液体活检行业发生15起主要融资项目,融资总额超6.4亿美元。 另据Evaluate Medtech数据,整个2020年融资排名前十的公司中,有一半都是液体活检领域初创企业。

上半年融资的15家液体活检公司中,公开融资轮次有14家。从融资轮次来看,主要集中在A轮,共6家。其次是B轮和C轮,分别为3家。未来这一市场还有着较大的成长空间。

据了解,目前 华大基因、迪安诊断、贝瑞基因、美康生物 等十余家上市公司将肿瘤早筛以及液体活检纳入其业务范畴。美国 Exact Sciences 公司的早期肝细胞癌(HCC)血液检产品在2019年获得FDA授予的突破性医疗器械认定;而 Grail、广州燃石 等在泛癌种液体活检早筛上也正在积极研发。国内也有多个研究机构在此领域开展研究,目前多家生物 科技 企业积极入局癌症早筛早诊领域,并进行产品转化。

国家层面也高度重视肿瘤早筛。《“ 健康 中国2030”规划纲要》指出,要强化慢性病筛查和早期发现,针对高发地区重点癌症开展早诊早治工作,推动癌症脑卒中冠心病等慢性病的机会性筛查,并提出到2030年要实现全人群全生命周期的慢性病 健康 管理,总体癌症5年生存率提高15%。受政策和市场双重推崇的影响,肿瘤早筛早诊已成为国内和国际研究的热门领域。

华安证券预测,尽管目前仍处于发展的早期阶段,随着技术的不断突破和国家政策的大力支持,我国基于液体活检的肿瘤早筛市场预计在2030年达到千亿规模。

华大基因背后的技术武器

华大基因背后的技术武器

斥巨资采购128台基因测序仪,一举成为全球最大的基因测序中心,全额收购美国纳斯达克上市公司CompleteGenomics(下称CG),改变中国生物科技企业被跨国企业单向并购的格局。华大基因向来不按套路出牌。看似有些疯狂的举动,实际是华大基因建立技术优势的精心布局。华大基因的服务规模和测序团队是全球最大的,但在测序技术平台上需购买大批设备和耗材。收购CG实现了资金技术的互补,也使技术优势成为打破原有国际基因市场格局的反击武器。

大数据支撑科研新模式

通常由于科学技术实现产业化的过程周期很长,但在生物科技领域,尤其是在21世纪以后,生命科学由原来经典的实验科学、作坊式的实验科学变成了工厂式大数据的大科学。这种大科学利用数据分析处理,大大缩短了从科学发现到产业化的过程,使得一家机构同时进行产学研一体化成为了可能。

1990年由美、英、日、德、法及中国六国科学家启动的“国际人类基因组计划”,用10年时间、耗费30亿美元才完成了一个人的基因组测序。2007年华大基因只用半年,不到3000万人民币就完成了“第一个中国人基因图谱”。省时、高效的基因测序得益于华大基因在大数据背景下开创的新型基因科研模式,华大基因打造了具有全球竞争力的综合性大平台。在强大“平台体系”驱动下,围绕生命中心法则,建起了测序、质谱、生物计算和国家基因库综合技术平台。

测序平台承载着基因测序产业的重任,它使人类进一步解读生命奥妙成为了可能。华大基因测序平台主要以高通量测序平台为主,此外,还包括了罗氏454测序平台及Ion Torrent测序平台。测序涉及生物学各领域,包括DNA测序、RNA测序、宏基因组测序、甲基化测序、外显子捕获测序等。此外,还有合成平台、基因分型平台、全基因酶切图谱平台等让测序结果更精确的辅助平台。

质谱平台基于高通量质谱技术进行工业规模的'蛋白质组学、代谢组学研究及目标分子检测,主要进行蛋白质组学和代谢组学的全谱分析、定量分析、蛋白修饰分析以及目标蛋白、多肽和各种小分子的分析检测,也可以结合基因组、转录组数据展开贯穿性科研项目。

信息中心以实现超大规模生物信息学计算为中心任务,不断提升其在高效能计算、云计算服务能力,为海量数据处理提供创新解决方案。华大基因拥有深圳、香港、北京、武汉、杭州等数个大型生物信息学超级计算中心,总峰值计算能力达到212 T flops, 总内存容量达到35.9 TB,总存储能力达到18.38 PB。其位于深圳和香港的集群的峰值计算能力分列国内生物信息领域第一和第二位,有能力为海量生物信息学数据的存储、处理和分析提供稳定而高效的资源保障。

国家基因库集生物资源样本库、生物信息数据库和生物资源信息网络为一体,通过建立高水平的生物资源样本库、高效的生物信息数据处理、存储与管理系统以及覆盖广泛的联盟网络,有效保护、合理开发和利用我国生物资源及基因数据资源,充分调动、发挥及整合各地区、各单位的资源和技术优势,积极开展广泛交流与合作。

竞争王牌:测序技术革新

2013年3月18日,华大基因宣布完成对CG的全额收购。华大在并购完成之后,保留了CG在硅谷的研发团队,并将团队规模扩大了一倍,同时结合中国本土的经验丰富的研发团队共同合作,开发出将投入产业化应用的临床测序技术BGISEQ-1000和BGISEQ-100。新产品大大简化了样品处理的流程,缩短了整个周期,优化了生物云平台,做到一键式、傻瓜式、大数据库支持,能够进入任何一家医院而不需要任何前期测序基础。在临床产品的精度、可重现性和稳定性方面比市面已有技术提高几个数量级,达到99.999%以上的碱基准确性。

华大的测序技术采取的原理各有不同,其中代表性的有基于焦磷酸化学发光的454测序技术、基于连接反应的边连接边测序技术SBL、基于锚定探针连接的CPAL技术、基于可逆终止边合成边连接技术(SBS)和测序过程中基于氢质子浓度变化的半导体检测技术。

华大测序的特点主要是序列短(30—150bp)、但是检测通量大(从开始的几百Mb到目前的1Tb以上的通量)、检测周期灵活(几个小时到几天)。正是因为通量高,所以测序的价格已经是第一代测序的万分之一,甚至更低。最早做一个人类基因组测序需要30亿美元,现在测序成本只需要1000美元。

如今,华大基因在基因测序领域保持着领先的技术优势,包括效率高、成本低的高通量测序;准确率高的高深度测序;全球领先的基因组组装软件,自主研发的SOAPdenovo软件;而且有着丰富的经验,华大基因已经成功完成几百个物种的全基因组从头测序。

产业化新起点

如今,华大基因已经进入到产业化的新阶段,除了传统的科技合作项目之外,个人基因检测服务于医疗领域,成为了华大基因发展的新起点。

全世界每年约有500万缺陷儿出生,给这些家庭造成了巨大的精神和经济负担。产前筛查、产前诊断是防治出生缺陷的重要方法之一,但是目前的方法都无法达到既精准又安全无创。近年来随着高通量测序技术的发展,DNA测序成本降低,一项新的产前检测技术——无创产前基因检测技术应运而生。华大基因在自身高通量测序平台的基础上,于2010年末推出了产前基因检测服务,只需通过采集孕妇外周血,提取血浆中的游离DNA,就可利用测序方法分析胎儿患染色体非整倍性疾病的风险率。目前,除无创产前基因检测技术外尚有针对染色体病、单基因病的众多项目在研发过程中。

目前全球基因测序领域处于一个快速向应用转化的产业化、民用化发展阶段。整个基因测序市场中从业公司的估值也都将随着产业的爆发而水涨船高,该领域前景将继续受到投资者和资本市场的广泛关注。

基因科技,这个揭示人类生命奥秘的学科,未来必将孕育出全世界最大、最重要的产业市场。

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长光华大靠谱吗

靠谱。长春长光华大智造测序设备有限公司(曾用名:长光华大基因测序设备(长春)有限公司),成立于2017年,位于吉林省长春市经济开发区自由大路7691号光电信息产业园一期6号办公楼,是一家以从事专用设备制造业为主的企业。

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