细胞通路的网站（细胞信号通路网站）

2022-12-22 03:54:37 作者：max

本文目录一览：

1、请简述常见的几种细胞通路的组成和功能？
2、信号通路图在哪里找
3、什么是GO富集分析，常说的GO功能分析、功能分析、Pathway分析是什么意思？
4、细胞周期通路
5、如何使用atcc找细胞株？那个全英文的网站弄不太明白。

请简述常见的几种细胞通路的组成和功能？

JAK-STAT信号通路是进年来发现的一条由细胞因子刺激的信号转导通路参与细胞的增殖分化凋亡以及免疫调节等许多重要的生物学过程与其它信号通路相比这条信号通路的传递过程相对简单它主要由三个成分组成即酪氨酸激酶相关受体酪氨酸激酶JAK和转录因子STAT

（1）酪氨酸激酶相关受体（tyrosine kinase associated receptor）

许多细胞因子通过JAK-STAT信号通路来传导信号这包括白介素2？7（lL-2？7） GM-CSF（粒细胞/巨噬细胞集落刺激因子） GH（生长激素） EGF（表皮生长因子） PDGF（血小板衍生因子）以及了FN（干扰素）等等这些细胞因子和生长因子在细胞膜上有相应的受体这些受体的共同特点是受体本身不具有激酶活性但胞内段具有酪氨酸激酶JAK的结合位点受体与配体结合后通过与之相结合的JAK的活化来磷酸化各种靶蛋白的酪氨酸残基以实现信号从胞外到胞内的转递

（2）酪氨酸激酶JAK（Janus kinase）

很多酪氨酸激酶都是细胞膜受体它们统称为酪氨酸激酶受体（receptor tyrosine kinase RTK）而JAK却是一类非跨膜型的酪氨酸激酶 JAK是英文Janus kinase的缩写 Janus 在罗马神话中是掌管开始和终结的两面神之所以称为两面神激酶是因为JAK即能磷酸化与其相结合的细胞因子受体又能磷酸化多个含特定SH2结构域的信号分子 JAK蛋白家族共包括4个成员 JAK1 JAK2 JAK3以及Tyk2 它们在结构上有7个JAK同源结构域（JAK homology domain JH）其中JH1结构域为激酶区 JH2结构域是假激酶区 JH6和JH7结构是受体结合区域

（3）转录因子STAT（signal transducer and activator of transcription）STAT被称为信号转导子和转录激活子顾名思义 STAY在信号转导和转录激活上发挥了关键性的作用目前已发现STAT家族的六个成员即STAT1-STAT6 STAT蛋白在结构可分为以下几个功能区段 N-保守序列 DNA结合区 SH3结构域 SH2结构域及C-端的转录激活区其中序列上最保守和功能上最重要的区段是SH2结构域。它具有与酪氨酸激酶Src的SH2结构域完全相同的核心序

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信号通路图在哪里找

信号转导图在NCBI（）。

其实对于一般的信号通路,我们基本可以通过以下途径中获得的,一个就是很ncbi中获得,另外一个就是从大的试剂公司中获得的,基本上可以满足我们常见的信号通路,而且制作都非常精美。http:/cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways,在页面的旁边有pathway searcher,大家可以通过它找到自己需要的内容。

信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。

什么是GO富集分析，常说的GO功能分析、功能分析、Pathway分析是什么意思？

Gene

Ontology可分为分子功能（

Molecular

Function），

生物过程

（

biological

process）和细胞组成（cellular

component

）三个部分。蛋白质或者基因可以通过ID对应或者序列注释的方法找到与之对应的GO号，而GO号可对于到Term，即功能类别或者细胞定位。

功能富集分析:

功能富集需要有一个参考

数据集

，通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO

Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。

GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO的第二层次。此外也有研究都挑选一些Term，而后统计直接对应到该Term的基因或蛋白数。结果一般以

柱状图

或者

饼图

表示。

1.GO分析

根据挑选出的

差异基因

，计算这些差异基因同GO

分类中某（几）个特定的分支的

超几何分布

关系，GO

分析会对每个有差异基因存在的GO

返回一个

p-value

，小的p

值表示差异基因在该GO

中出现了富集。

分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的GO

分析，可以找到富集差异基因的GO分类条目，

寻找不同

样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。

2.Pathway分析

根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同Pathway

的超几何分布关系，Pathway

分析会对每个有差异基因存在的pathway

返回一个p-value，小的p

值表示差异基因在该pathway

中出现了富集。

Pathway

分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的Pathway

分析，可以找到富集差异基因的Pathway

条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些细胞通路的改变有关。与GO

分析不同，pathway

分析的结果更显得间接，这是因为，pathway

是蛋白质之间的相互作用，pathway

的变化可以由参与这条pathway

途径的蛋白的表达量或者蛋白的活性改变而引起。而通过芯片结果得到的是编码这些蛋白质的mRNA

表达量的变化。从mRNA

到蛋白表达还要经过microRNA

调控，翻译调控，

翻译后修饰

（如

糖基化

，

磷酸化

），蛋白运输等一系列的调控过程，mRNA

表达量和蛋白表达量之间往往不具有

线性关系

，因此mRNA

的改变不一定意味着蛋白表达量的改变。同时也应注意到，在某些pathway

中，如EGF/EGFR

通路，细胞可以在维持蛋白量不变的情况下，通过蛋白磷酸化程度的改变（调节蛋白的活性）来调节这条通路。所以芯片数据pathway

分析的结果需要有后期蛋白质功能实验的支持，如Western

blot/ELISA，IHC（

免疫组化

），over

expression

（过表达），RNAi（RNA

干扰），knockout（基因敲除），trans

gene（转基因）等。

3.基因网络分析

目的：根据文献，数据库和已知的pathway

寻找基因编码的蛋白之间的相互关系(不超过1000

个基因)。

细胞周期通路

一般而言，细胞周期可以分为四个时相： G1(DNA 合成前期)； S 期（ DNA 合成期）； G2 期（ DNA 合成后期）和 M 期（有丝分裂期）。有些学者把某些从G1 期退出细胞周期但是仍然存活，在适当刺激后还能再次进入细胞周期的一类细胞，称为G0 期。所以如果把 G0 期细胞也算上，细胞周期可以分为 5 个时相。在实际的研究工作中，为了简化细胞周期，也常常根据染色体的倍数进行分类： G0/G1 期细胞因为在 DNA 复制过程之前，因此细胞内染色体是二倍体（ 2N）； S 期细胞正在进行 DNA 的复制，但是整个DNA 复制的过程并没有全部完成，因此细胞内染色体介于二倍体和四倍体之间； G2/M 期的细胞已经完成了 DNA 复制过程，因此细胞内染色体是四倍体（4N）。所以如果根据染色体的倍数进行分类，细胞周期的时相可以分为： G0/G1 期、 S 期和 G2/M 期三个时相。

1）是 G1/S 期检查点； 2）是 G2/M期检查点。

整个过程的精准调控。

Cyclin 和 CKI 都能调控 CDK，但是 Cyclin 正向调控 CDK；而 CKI负向调控 CDK。G1 期主要表达的 Cyclin 分子是 Cyclin D 和 Cyclin E。Cyclin D 可以和 CDK4或者 CDK6 相互结合； Cyclin E 主要和 CDK2 相互结合。 S 期主要表达 Cyclin A，它也是和CDK2 相互结合。 M 期主要表达 Cyclin B，它主要和 CDK1 相互结合。 CKI 可以分为两类 Ink4（代表分子： p16、 p 15、 p18 和 p19）；另一类是 KIP（包括 p21， p27 和 p57）。

在 Rb 调控通路中，生长因子结合相应的受体，促进 Cyclin 表达； Cyclin 与相应 CDK 结合形成复合物，促进

Rb 蛋白磷酸化，磷酸化的 Rb 释放核转录因子 E2F，游离的 E2F 进入核内，促进下游基因的转录表达。在 p53 调控通路中， p53 主要在 G1 检查点上发挥重要作用。最常见的作用机制和通路是： p53 可作为转录因子结合到 p21 的启动子区域并激活 p21 基因转录。当细胞DNA 受损后， p21 基因在 p53 诱导下表达水平升高，抑制 CDK 活性，阻止细胞从 G1 期进入 S 期，使细胞停止于 G1 期。

1）检测细胞周期相关的明星分子（例如： Cyclin、 CDK、CKI 以及相应的信号通路中的明星核心分子）； 2）是通过 PI 染色实验，采用流式细胞仪检测细胞周期的变化。